Секвенирование ДНК — определение их первичной аминокислотной или нуклеотидной последовательности (от англ. sequence — последовательность). В результате получается символьное описание, которое безусловно описывает структуру молекулы.

Для секвенирования применяются методы Эдмана, Сенгера и другие. В настоящее время для секвенирования нуклеиновых кислот обычно применяется метод Сенгера с дидезоксинуклеозидтрифосфатами (ddNTP).
Обычно до начала секвенирования производт амплификацию участка ДНК, последовательность которого требуется определить. Для этого используется метод ПЦР.